Movable Type 4のダッシュボードで、設定＞ブログの設定＞コメント の画面においてnofollow設定を行うことができます。これはどういった機能なんでしょうか。

調べてみました。

例えばこんなコメントが寄せられてます。まあSPAMなんですが。

この部分のソースを抜き出すと

<dl class="log">
<dt id="comment16560"><span class="name"><a title="http://home.aol.com/topmedgroup/provigil" href="http://home.aol.com/topmedgroup/provigil" rel="nofollow">effects modafinil provigil side</a></span> <span class="date">2007-09-11 (Tue) 21:08</span></dt>
<dd>
<p>Cool site. Thanks.<br />
</p>
</dd>
</dl>

このようになっています。a要素の中にrel="nofollow"という記述があります。Movable Typeの設定でnofollowを有効にしていると、コメントとトラックバックのa要素に上記のような記述が加えられます。

nofollowの属性が与えられたa要素（リンク）は、検索エンジンはリンクとしてカウントしてくれません。大量のSPAMを撒き散らして、自サイトへのリンク数を稼ごうとする行為を、無力化しようとする試みです。

[参考記事]
hxxk.jp - Movable Type 'nofollow' plugin おぼえがき
初めてのMovable Type 4: ブログの設定：コメント設定

また、検索サービス各社、ブログベンダー各社の対応やそもそも、nofollowの属性の提唱の事の顛末などは以下の記事に詳しいです。
rel="nofollow" - 検索エンジンとソフトウェアのコメントスパム対抗策 (klog)

もともと、Googleが提唱してMSN、Yahoo!など主要各社も賛同したものだったそうです。